BPU memiliki tugas melaksanakan pengembangan unit usaha dan mengoptimalkan perolehan sumber-sumber pendanaan universitas untuk mendukung pelaksanaan penerapan pengelolaan keuangan badan layanan umum UNSOED. Dalam pelaksanaannya Badan Pengelola Usaha bertanggungjawab kepada Rektor dan dikoordinasikan melalui Wakil Rektor Bidang Perencanaan Kerjasama dan Hubungan Masyarakat.